抗原与抗体发生交叉反应的确切原因，是不同抗原之间存在有结构相同或相似的决定簇。通常情况下，一种抗原只能与其刺激机体产生的相应抗体结合，这种抗原与抗体结合反应的专一性被称为抗原抗体反应的特异性。抗原和抗体的结合，实质上是抗原分子表面的抗原决定簇(表位)与抗体分子的抗原结合部位之间，在化学结构和空间构型上的互补结合，两者之间的互补程度越高，抗原与抗体之间的结合力就越强，天然抗原分子通常具有多种抗原决定簇(表位)，可刺激机体产生多种特异性抗体。而抗体的抗原结合部位由抗体分子的VH和VL上各自具有的三个超变区组成，该部位形成一个与抗原决定簇(表位)互补的沟槽，决定了抗体的特异性。不同抗体的抗原结合部位，沟槽形状不同，只有与其结构互补的抗原决定簇(表位)才能呈楔状嵌入，所以抗原与抗体的结合具有高度的特异性。若两种不同的抗原分子表面具有相同，或类似的抗原决定簇(表位)，则二者均能与对方抗血清中的相应抗体结合，即发生交叉反应。而交叉反应仍是抗原抗体特异性结合，对临床诊断可能会产生干扰，但是采用单克隆抗体进行检测可有效克服交叉反应的出现。
