女性子宫内膜异位症的原因一般有三种学说。
具有生长功能的子宫内膜本来应该长在子宫里面，但长在了其他部位，即具有生长功能的子宫内膜，生长在了子宫腔以外和子宫肌层以外其他部位，就叫做子宫内膜异位症，简称内异症。
一、种植学说，是目前公认最为重要的学说，认为异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，并种植和生长，同时也有还会通过许多的传播途径，包括血液逆流、淋巴传播、血液传播和医源性种植等，引起子宫内膜异位症。
二、体腔上皮化生的学说，这个学说认为异位的内膜细胞来源于盆腔腹膜的体腔上皮化生。
三、诱导学说，就是未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，可发展成为子宫内膜组织，种植的内膜可以释放出化学物质诱导未分化的间充质，形成子宫内膜异位组织，同时子宫内膜异位症还与遗传因素，免疫因素以及炎症有一定的关系。
子宫内膜异位症的治疗主要包括药物治疗和手术治疗，根据患者不同年龄、不同子宫、内膜异位症的严重程度，来选择治疗方法。药物治疗适用于有生育要求的女性，常用的药物有非甾体抗炎药，可以达到止疼的效果，还包括口服短效避孕药及孕激素，抑制子宫内膜异位细胞的生长，另外常见的还包括GnRH-A类药物，临床上常见的有亮丙瑞林和戈舍瑞林等。
如果药物治疗无效，或药物治疗后病情加重，可以采取手术治疗，手术治疗又分为不同的手术方式，可以采取保留生育功能的手术，将内膜异位的病灶进行去除，也可以采取保留卵巢功能的手术，切除盆腔内的所有病灶及子宫，但保留至少一侧或部分卵巢。最后是根治性手术，将子宫双附件及盆腔内所有肉眼可看到的异位病灶进行切除。
