新生儿颅内出血的病因多见于以下几种因素:早产，胎龄32周以下的早产儿，在脑室周围的室管膜下及小脑软脑膜下的颗粒层均留存胚胎生发基质。该组织是一种未成熟的毛细血管网，其血管壁仅有一层内皮细胞，缺少胶原和弹力纤维支撑，当动脉压突然升高时，可以导致毛细血管破裂，引起室管膜下出血；缺血缺氧窒息时低氧血症、高碳酸血症所致压力被动性脑血流，当动脉压力升高时，可以因脑血流量增加引起毛细血管破裂出血。当动脉压力降低时，脑血流量减少引起毛细血管缺血性损伤而出血；外伤，主要为产伤所致；其他，比如新生儿肝功能不成熟，凝血因子不足，或者患有其他出血性疾病。
