对于硫酸软骨素滴眼液的危害，主要是会导致局部的发痒，红肿及过敏现象的发生，所以硫酸软骨素只是限于滴眼用，并且在滴眼时请误使瓶口接触手部和眼睛，以免导致药液污染，从而就会在滴眼时引起眼部的炎症，并且使用后一定要拧紧瓶盖，防止污染。
并且药品发生改变和性状的变化时，一定要禁止使用，防止出现眼部的刺激，从而加重了病情。并且一定不要过量的应用硫酸软骨素滴眼液，因为硫酸软骨素滴眼液是从动物组织提取，纯化制剂的，并且具有酸性的黏多糖类物质，是构成细胞间质的主要成分，对于维持细胞环境的相对稳定性和正常的功能，具有非常重要的作用。
所以一旦出现了性状的改变或者是有污染的情况，一定要禁止使用，以防止对眼睛造成损害。
